Durante el gobierno de D. Luis Barreda (elegido prior en marzo de 1808) la cartuja sufrió los rigores de la invasión francesa, y la consiguiente guerra de la Independencia, que terminaron con el desalojo de la misma en 1810 a raíz del decreto de exclaustración dictado por José Bonaparte en agosto de 1809; El desalojo de la cartuja no se hizo efectivo hasta pocos días antes de la entrada, el 21 de noviembre de 1810, de la tropa francesa al mando del General de Brigadas Millet en Segorbe. Esta Cartuja pasó a servir de alojamiento a la caballería francesa.
La Cartuja tuvo que ser nuevamente abandonada, obedeciendo el decreto de exclaustración del 25 de octubre de 1820, por decreto de las Cortes de 25 de octubre, en el que se establece la supresión de todos los institutos monacales, se prohibían fundar conventos monacales y profesar a ningún novicio y se permitía la secularización a todo religioso. El día 4 de diciembre, el prior de esta casa Don Gabriel Fornes, reunidos todos los Monjes y Conversos en la Sala Capitular declara disuelta la Comunidad e inmediatamente se dispusieron todos a desalojar el monasterio, obedeciendo el oficio del Sr. Jefe Político Superior que con fecha 1 de diciembre se había recibido en la cartuja y que ordenaba el desalojo del monasterio antes del día 8 de dicho mes.
La devolución de la cartuja a sus miembros se produjo en 1823 con la subida al poder del partido realista, mediante el decreto que fijaba el reintegro de bienes, derechos y acciones enajenados o no de las comunidades suprimidas por el «gobierno de la rebelión».
La devolución de los bienes para las cartujas de Ara-Christi, Portacoeli y Val de Cristo fue decretada el 29 de julio de 1823.
La última y definitiva exclaustración se produjo durante el priorato de Don Bruno Rogel que fue elegido en marzo de 1835 desempeñando su oficio por mas de 5 meses como consecuencia de los decretos de exclaustración de 1835 siendo esta cartuja suprimida como Instituto religioso y declarada disuelta su comunidad el 4 de septiembre de 1835.