A partir de este momento, da un nuevo empuje el Rey don Martín a su obra y quiso que al terminarse el primer claustro las celdas de los reyes y la Iglesia de San Martín, que se hacian de cantería, se empezase una obra mayor, otro claustro y otra Iglesia que correspondiesen al poder de un rey. La Iglesia de San Martín se terminó en el año 1400 aunque no fue bendecida hasta el 13 de noviembre de 1401 concediendo el rey para ornato de la misma las mas preciadas obras de su recamara y de su capilla real, así como estimables reliquias. En 1404 confirmó Don Martín todos los privilegios concedidas a este monasterio por su padre, su hermano, él mismo y Doña María de Luna, antes de ser reyes, y mandó se recopilasen todos ellos en un libro que Don Martín selló y firmó en Valencia el 17 de mayo de 1404, y de igual forma se recogiesen en otro libro que fue sellado y firmado por su hijo Don Martín de Sicilia el 10 de abril del mismo año. A partir de este momento se prosiguió la obra de la Iglesia y Claustro mayor con una grandisima suntuosidad, mandando Doña María de Luna edificar 12 celdas en el Claustro mayor a sus expensas. No pudiendo hacerse cargo directamente de la evolución de las obras, aunque sus visitas al Convento eran muy frecuentes relegó esta misión desde un principio en manos del Padre Don Bernardo de Cafabrega conrer primero de esta casa y obrero mayor de la misma por mas de 26 años.